Las causas son muy variadas, por eso decimos que la halitosis es multifactorial. Va a depender de factores inherentes a la conducta del paciente: tomar alcohol, ingesta de líquidos, estados de nervios o estrés, cambios nutricionales, tratamientos médicos. Algunos medicamentos pueden cambiar la cantidad de saliva que produce la boca y alimentos con compuestos sulfurados volátiles.
Pero también existe una causa que no depende de la conducta del paciente y es la existencia de una mayor cantidad de un tipo de bacterias denominadas anaerobias (ya que viven en ausencia de oxigeno) y serán las responsables de generar compuestos sulfurados volátiles como sulfuro de hidrogeno, que darán mal aliento. Estas bacterias a diferencia de las que producen las caries no se ubican en los dientes, sino que estarán en todos los tejidos blandos bucales. Por esa razón, no son posibles de eliminar con el cepillado dental.

La lengua también puede ser un causante ya que por su forma y largo de papilas acumula muchas bacterias anaerobias e impide que el oxigeno llegue a la base de la misma impidiendo así que el organismo la combata.

Las amígdalas y zona posterior de lengua es una zona de gran acumulo de bacterias anaerobias negativas y muchas veces la secreción post nasal agregada ocasiona un mal olor que se elimina tanto por boca como por nariz.